箱根駅伝の出場校が登録できる選手数は１６人まで。この中から１０人が区間登録される。そしてレース当日の朝、スタート前に選手の入れ替えが発表される。
２０２１年の第９７回大会から、変更できる選手数の上限が６人に増やされた。それ以前は４人までだった。選手の故障や病気などが重なった大学で、万全の状態ではない選手を使って失速するケースがあり、出場校の改善要望を受けて変更枠の拡大が議論されてきたものだ。
選手変更は６人まで可能。１人のランナーが箱根駅伝に参加できるのは４回までだ 登録選手１６人のうち、変更できるのは、区間登録で１０区間に配置される正選手と、補欠６人の間の入れ替えのみ。正選手の区間を変更することはできない。往路と復路各日の変更人数は、最大４人だ。他大学の戦略を探るため、あえて主力を補欠に回し、レース当日の朝に投入するチームもある。
現在は年齢制限なし、出場は「４回まで」
出場選手の年齢制限は現在、設けられていないが、開催要項の参加資格では「本大会並びに予選会出場回数が通算４回未満である者」とあり、１人のランナーが箱根駅伝に参加できる回数は４回までということになる。
以前はルールが違った。駒沢大の大八木弘明監督は、高校卒業後に社会人生活を経験してから駒沢大に入学した。現役時代、箱根駅伝では１～３年で区間賞を２度とったが、４年時（１９８７年の第６３回大会）は２８歳になっていて、当時は規定があった年齢制限のため、出場できなかった。
